Чтобы принять НДС к вычету, необходимо иметь выставленный поставщиком счет-фактуру, ценности должны быть приняты на учет, а их приобретение подтверждено первичными документами ( п. 1 ст. 172 Налогового кодекса РФ ). При этом приобретенные ценности должны использоваться в деятельности, облагаемой НДС.
А вот если покупка оплачена за счет средств федерального бюджета, то принять НДС к вычету нельзя. Более того, если компания оплатила ценности за свой счет, но впоследствии расходы были возмещены федеральным бюджетом, то НДС, ранее принятый к вычету, нужно восстановить. Это четко следует из подпункта 6 пункта 3 статьи 170 Налогового кодекса РФ. Подтверждается это и в письмах Минфина России от 8 августа 2011 г. № 03-03-06/4/92 , от 9 июня 2011 г. № 03-03-06/1/337 . Налоговики также придерживаются аналогичной позиции (письма ФНС России от 30 марта 2011 г. № КЕ-4-3/5012 , от 28 июля 2009 г. № 3-1-11/544@ , от 15 июня 2009 г. № 3-1-11/417 ).
При этом суммы восстановленного налога в стоимость товаров (работ, услуг) не включаются, а учитываются в составе прочих расходов в соответствии со статьей 264 Налогового кодекса РФ.
Восстановить налог нужно в том налоговом периоде (квартале), в котором субсидия получена.
Правда, если субсидия для приобретения имущества получена из бюджета заранее, то организации просто не нужно принимать «входной» налог к вычету.
Заметим, что такой порядок распространяется только на денежные средства, полученные из федерального бюджета, и притом только после 1 октября 2011 года.
Если же субсидии были получены до указанной даты, то налог к вычету принимается в общеустановленном порядке.
В подпункте 6 пункта 3 статьи 170 Налогового кодекса РФ говорится лишь о субсидиях, полученных из федерального бюджета. Получается, что в отношении субсидий, выделенных предприятиям за счет средств бюджетов субъектов РФ или местных бюджетов, данная норма не действует.
Следовательно, восстанавливать НДС не нужно. Более того, налог можно приять к вычету. Данную позицию подтверждает и Минфин России (письма от 10 декабря 2010 г. № 03-07-11/486, от 9 марта 2010 г. № 03-07-11/52, от 28 апреля 2009 г. № 03-07-11/116 ).
Еще раз об этом финансисты напомнили в письме от 2 ноября 2012 г. № 03-07-11/475: ограничений в отношении вычета налога на добавленную стоимость, оплаченного за счет субсидий из областного бюджета, в Налоговом кодексе РФ нет.