Может ли руководитель обособленного подразделения представлять интересы компании в целом?
Да, может. Но только на основании доверенности. Поясню. Налогоплательщик может участвовать в отношениях, регулируемых законодательством о налогах и сборах, через законного или уполномоченного представителя. Такое правило установлено пунктом 1 статьи 26 НК РФ.
При этом полномочия представителя подтверждает доверенность, выдаваемая в порядке, установленном гражданским законодательством (п. 3 ст. 29 НК РФ).
Получается, что руководитель обособленного подразделения может являться уполномоченным представителем компании в целом.
Подтверждают это и чиновники Минфина России в письме от 5 августа 2011 г. № 03-02-07/1-278.