Как отмечается в исследовании, установление единой ставки НДС на уровне 12% (ее лоббирует Минэкономразвития России) приведет к потерям федерального бюджета в размере до 1,9% ВВП. В таких условиях поддержание сбалансированности бюджета (без отказа полностью или частично от финансирования расходных программ) означает принятие непопулярных мер по другим налогам. Например, в 2007 году при снижении НДС до 12% пришлось бы повысить совокупную ставку налога на прибыль до 31% (либо ставку НДФЛ до 19,5%, либо базовую ставку ЕСН до 34—36%; еще одна альтернатива — трехкратное увеличение уровня обложения акцизами).
Эффективнее решать проблему с администрированием НДС за счет проведения мероприятий в области дальнейшего его реформирования. То есть за счет введения процедуры добровольной регистрации плательщиков НДС, оптимизации перечня оснований для освобождения от уплаты налога, дальнейшего совершенствования механизмов применения нулевой ставки, внедрения метода начисления при неденежных расчетах, формирования прозрачных правил исчисления и уплаты налога при электронной торговле, применения корректирующих и введения электронных счетов-фактур.
В то же время Минфин России поддерживает предложения Минэкономразвития России о переходе на единую ставку НДС, так как подобные меры должны не только упростить администрирование налога, но и сократить существующие диспропорции в российской экономике. При этом важно понимать, что единая ставка представляет собой повышение ставки в отношении тех товаров, которые в настоящее время облагаются по ставке 10%.