Как следует из статьи 172 НК РФ, вычету подлежат суммы НДС, соответствующие принятому на учет количеству товаров (работ, услуг). В то же время при продаже товаров (работ, услуг) счета-фактуры выставляются в срок не позднее пяти календарных дней, считая со дня отгрузки товара, выполнения работ или оказания услуги (п. 3 ст. 168 НК РФ). Расхождения по количеству отгруженных продавцом и принятых покупателем товаров, выявленные в течение этого срока, отражаются в счете-фактуре, который оформляется в соответствии с количеством товара по данным покупателя.
Если расхождения выявлены после выставления счета-фактуры, продавец товаров (работ, услуг) вправе его откорректировать. На это указано в пункте 29 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 № 914.