Учреждение имеет обособленные подразделения. Причем головная организация и подразделения находятся в одном городе, но относятся к разным инспекциям (подразделения поставлены на учет по местонахождению каждого). Можно перечислять НДФЛ и представлять сведения о доходах физических лиц централизованно по месту регистрации головной организации
Если учреждение имеет обособленные подразделения. Нет, нельзя. Если учреждение встало на налоговый учет по местонахождению каждого своего обособленного подразделения, суммы налога на доходы физических лиц должны быть перечислены в бюджет по месту учета каждого подразделения исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений. Аналогичные разъяснения приводит Минфин России в письме от 21 сентября 2011 г. № 03-04-06/3-230.