Если организация, применяющая упрощенную систему, приобрела основное средство в период использования объекта налогообложения доходы за вычетом произведенных расходов, а затем продала это основное средство до истечения срока, указанного в подпункте 3 пункта 3 статьи 346.16 НК РФ, но уже в период применения УСН с объектом налогообложения доходы, то перерасчета налоговой базы ей все равно не избежать. Организации придется заново рассчитать налог за все периоды, когда использовалось это основное средство, и исключить из налоговой базы при УСН расходы на его приобретение, превышающие суммы налоговой амортизации, начисленной в соответствии с положениями главы 25 НК РФ. Такие разъяснения Минфин России дает в письме от 27.02.2009 № 03-11-06/2/30.