В ООО документы должны храниться по местонахождению руководителя компании либо в другом месте, известном участникам ООО (п. 2 ст. 50, ст. 40 Федерального закона от 08.02.98 № 14-ФЗ). Значит, документы подразделения могут храниться как в самом подразделении (так как о его существовании известно участникам общества), так и в головном отделении организации (п. 2 ст. 50, ст. 5 закона от 08.02.98 № 14-ФЗ). Да, можно.
Можно ли хранить документы подразделения в головном офисе. В акционерных обществах все бухгалтерские документы до передачи их в архив должны храниться как в головном офисе компании, так и в подразделении (п. 3.1 Положения, утв. постановлением ФКЦБ России от 16.07.03 № 03-33/пс). Требования о том, что архив должен быть создан по местонахождению головного отделения компании, законодательство не содержит (Положение, утв. постановлением ФКЦБ России от 16.07.03 № 03-33/пс). Значит, документы могут храниться как в головном отделении, так и в филиале.