Должен ли подрядчик заплатить НДС с компенсации своих расходов? Да, должен.
НДС облагаются операции по реализации товаров, работ и услуг на территории России (п. 1 ст. 146 НКРФ). При этом налоговая база увеличивается на все суммы, связанные с оплатой реализованных товаров, работ, услуг (подп. 2 п. 1 ст. 162 НКРФ). Компенсация дополнительных расходов связана с оплатой реализованных работ.
В связи с этим данную компенсацию, например командировочных, транспортных и иных расходов, возникших при исполнении договора, которую заказчик выплачивает подрядчику, исполнитель должен включать в налоговую базу по НДС. Причем независимо от того, были эти расходы сразу предусмотрены в договоре (первоначальной смете) или счет на их оплату подрядчик отдельно выставил исполнителю.
Аналогичная точка зрения отражена в письме Минфина России от15.08.12 №03-07-11/300.