Да, можно. Но только если обособленные подразделения не являются филиалами. Наличие представительств с 2016 года не препятствует применению упрощенки.

Налоговый кодекс прямо запрещает применять упрощенку организациям (автономным учреждениям), у которых есть филиалы. При этом запрета вообще для всех, у кого есть обособленные подразделения, нет (подп. 1 п. 3 ст. 346.12 НК РФ).

Понятие «обособленное подразделение» включает в себя понятие «филиал». Но филиалами состав обособленных подразделений не ограничивается. У организации могут быть и другие обособленные подразделения: представительства, дополнительные офисы, склады и т. д.

А как отличить филиал от других обособленных подразделений? Во-первых, сведения о филиалах обязательно заносят в ЕГРЮЛ. Прочие обособленные подразделения в реестр не записывают. Однако учтите, уведомить налоговую инспекцию и фонды нужно при создании любого подразделения.

Во-вторых, важно, как формально в документах поименовано то или иное подразделение. Если записи о том, что создан филиал, нет, то признать подразделение таковым нельзя.

В-третьих, для подразделений четко определено, какой функционал они могут выполнять. Так, филиал открывают, когда хотят предоставить подразделению все функции головной организации или автономного учреждения. Остальные подразделения наделяют другим более «узким» функционалом.

Все это следует из статьи 11, п. 14 статьи 83 и пункта 2 статьи 346.12 Налогового кодекса РФ, статьи 55 Гражданского кодекса РФ.

Аналогичная точка зрения выражена и в письмах Минфина России от 29 июня 2009 г. № 03-11-06/3/173, от 23 января 2006 г. № 03-01-10/1-14. В настоящее время этими письмами можно руководствоваться в части, не противоречащей подпункту 1 пункта 3 статьи 346.12 Налогового кодекса РФ.