Нет, не должна, если выполняются все условия применения упрощенки.

Переход на упрощенку носит уведомительный, а не разрешительный характер, а налоговые инспекции не вправе запрещать или разрешать применение этого спецрежима (письма ФНС России от 4 декабря 2009 г. № ШС-22-3/915, от 21 сентября 2009 г. № ШС-22-3/730).

Поэтому, получив из инспекции сообщение о несоответствии требованиям применения упрощенки, организация (автономное учреждение) может продолжать применять спецрежим. Но при этом на плательщика единого налога ложатся все риски, связанные с неправомерным переходом на упрощенку. Если при проверке выяснится, что условия применения упрощенки не выполнялись, а в уведомлении были указаны недостоверные сведения, инспекция может доначислить организации или автономному учреждению все налоги, которые положено платить при общей системе налогообложения, а также пени и штрафы (в т. ч. за несвоевременное представление деклараций по неуплаченным налогам). В таких ситуациях суды встают на стороны налоговых инспекций (см., например, постановления ФАС Волго-Вятского округа от 15 февраля 2011 г. № А17-2935/2010, от 23 января 2008 г. № А28-6151/2007-278/21, Центрального округа от 10 декабря 2008 г. № А23-877/08А-14-56, Уральского округа от 2 сентября 2008 г. № Ф09-6211/08-С2).

Если налогоплательщик уверен в своей правоте и не согласен с сообщением о несоответствии требованиям применения упрощенки, этот документ можно оспорить в суде. В арбитражной практике есть примеры судебных решений, принятых в пользу налогоплательщиков (см., например, постановления ФАС Центрального округа от 20 октября 2008 г. № А68-8230/07-364/13, Северо-Западного округа от 16 июля 2008 г. № А52-96/2008, от 9 января 2008 г. № А05-6431/2007).