При приеме товара покупатель может обнаружить, что количество полученного товара расходится с количеством, указанным в товарных накладных и счетах-фактурах, в меньшую сторону. Корректировочный счет-фактура при выявлении покупателем недостачи до принятия товаров на учет в книге продаж покупателя не регистрируется, уточнил Минфин России в письме от 10.02.12 № 03-07-09/05. Поскольку суммы НДС по недостающему количеству товаров покупатель не принимал к вычету, то и восстанавливать их ему не нужно.
Пункт 3 статьи 168 НК РФ регламентирует действия продавца при изменении стоимости отгрузки, в том числе в случае уточнения количества отгруженных товаров. Продавец должен выставить покупателю корректировочный счет-фактуру не позднее пяти календарных дней со дня составления договора, соглашения или иного первичного документа, подтверждающего согласие покупателя на изменение стоимости отгруженных товаров.
Предположим, недостача выявлена покупателем после принятия полученных товаров к учету и применения налогового вычета в полном объеме. Тогда после получения от продавца корректировочного счета-фактуры, в котором зафиксировано уменьшение количества товара и изменение цены поставки, покупатель восстанавливает сумму НДС, ранее принятую к вычету. Она равна разнице между суммами налога, начисленными до и после изменения стоимости поставки (подп. 4 п. 3 ст. 170 НК РФ)