Первый вариант: направить сотрудника в налоговую
Если строго следовать правилам, то, поскольку 2011 год уже закончился, пересчитать налог и вернуть сумму переплаты в 2012-м могут только налоговые инспекторы. Такой порядок прописан в пункте 4 статьи 218 Налогового кодекса РФ. И это уже не раз подчеркивали в своих разъяснениях чиновники (см., к примеру, письма Минфина России от 18 января 2012 г. № 03-04-08/8-5, от 19 января 2012 г. № 03-04-06/8-10).
Поэтому вы вправе сказать сотруднику, чтобы он обратился в инспекцию по месту жительства. От него потребуется сдать декларацию по форме 3-НДФЛ за прошедший год, справки 2-НДФЛ со всех мест работы (если таковых было несколько), ксерокопии свидетельств о рождении детей и собственно заявление о пересчете налога.
Второй вариант: взять с работника заявление, составленное задним числом
Вы можете пойти навстречу работнику и разрешить ему написать заявление задним числом, допустим декабрем 2011 года. Тогда идти в инспекцию ему не придется. А вы пересчитаете НДФЛ за весь 2011 год, начиная с января. Или с того месяца, в котором у работника появилось право на новый вычет (родился третий ребенок).
Обратите внимание: на сумму возникшей переплаты по НДФЛ вы уже не вправе уменьшить налог, удерживаемый с работника в 2012 году. Ведь речь идет о доходах другого налогового периода. Сумму излишне удержанного налога вы перечислите на банковский счет работника, который он укажет в заявлении о возврате налога. Таковы правила статьи 231 кодекса.
Кроме того, если вы уже успели представить справки 2-НДФЛ по доходам работников за 2011 год, то сейчас вам придется составить уточненную справку за сотрудника, чьи вычеты пересчитали. В документе укажите уже новые суммы предоставленных в прошлом году стандартных налоговых вычетов. Форму 2-НДФЛ с измененными данными подайте в налоговую инспекцию и выдайте работнику.