Сверхурочная работа должна быть оплачена в повышенном размере. За первые два часа работы не менее чем в полуторном размере, за последующие часы - не менее чем в двойном размере. Это прямо прописано в ст. 152 Трудового кодекса.
При этом компания вправе установить и более высокую компенсацию сотрудникам за сверхурочные часы. И закрепить порядок выплаты в коллективном договоре. Причем, такие суммы можно смело списать при расчете налога на прибыль. На основании п. 3 ст. 255 Налогового кодекса их следует включить в расходы на оплату труда (письмо Минфина России от 23.05.2013 г. № 03-03-06/1/18410).
Еще по этой теме: статья «Наглядные примеры расчетов с сотрудниками, которым полагаются сверхурочные».