Да, можно.
Графы 2 и 3 в счете-фактуре нужно заполнить, если стоимость работ зависит от какого-либо количественного показателя (например, если расценки установлены исходя из количества забитых свай). Однако единица измерения в счете-фактуре указывается только при возможности ее указания (подп. 5 п. 5 ст. 169 НК РФ). Если стоимость работ складывается из множества показателей и определяется комплексно (как цена работ по договору), то единицу измерения можно не указывать.