Да, может, если пакет документов, подтверждающий нулевую ставку собран в другом налоговом периоде. В письме Вы можете написать, что у организации в 1 квартале 2014 года были экспортные операции в Казахстан, экспортные операции в декларацию по НДС должны попадать когда собран пакет документов, подтверждающий нулевую ставку, и т.к. пакет документов не был собран в 1 квартале 2014 года, то налоговые базы по налогу на прибыль и НДС разные.
Обоснование данной позиции приведено ниже в материалах Системы Главбух
1.Статья: Как растолковать закономерные расхождения в отчетности
Как объяснить расхождения. Такие разницы возникают из-за того, что период отгрузки и перехода права собственности на товар не совпадают. Например, товар был отгружен в конце прошлого года, а право собственности на него к покупателю перешло в этом году. В доходы по налогу на прибыль за прошлый год стоимость товара не войдет, а в базу по НДС за четвертый квартал ее надо включить (п. 1 ст. 167 НК РФ).
Еще разницы бывают, когда у компании есть экспортные операции. Экспорт в декларацию по НДС попадет, когда собран пакет документов, подтверждающий нулевую ставку (п. 9 ст. 167 НК РФ). Например, продукцию реализовали в 2009 году, а документы собрали в 2010-м. Реализация по НДС пройдет в 2010 году, а доходов по налогу на прибыль не будет, так как они были учтены еще в 2009 году.*
ГАЗЕТА «УЧЕТ. НАЛОГИ. ПРАВО», № 12, МАРТ 2011
2.Справочники: Основные расхождения между показателями налоговых деклараций по НДС и по налогу на прибыль ( mod = 117, id = 13560, pub = {6, 9})
05.08.2014 г.
С уважением,
Марина Бембеева, эксперт БСС «Система Главбух».
Ответ утвержден Александром Родионовым,
заместителем начальника Горячей линии БСС «Система Главбух».